La mayoría de los frutos de pepita del mundo se destinan hacia el mercado fresco.
El sabor, tamaño, aspecto físico y color de la piel son factores de gran importancia para el comerciante y consumidor que cada día son más exigentes con la calidad.
La industria conservera, siendo más flexible en cuanto a la apariencia, también busca fruta de buena calidad. Su interés se centra más en la maduración, valor nutritivo, color, textura, destino (postres u otro tipo de cocina), y calidad, incluyendo nivel de acidez, y SST (sólidos solubles totales), principalmente azúcares.
La calidad del fruto, tanto para el mercado fresco como para conservar, se relaciona con la fase de maduración del fruto. El momento de la cosecha es crítico.
Los fruticultores tienen que asegurarse de que el fruto esté en su punto y no se deteriorará durante el almacenaje. Los frutos inmaduros tendrán mucho almidón y poco aroma, los frutos que ya pasados, son más susceptibles a enfermedades en el almacén y a la descomposición.
Los frutos de pepita sanos son menos propensos a desarrollar bitter pit (mancha amarga), plara y corazón acuoso. Un cultivo con trastornos no responderá a las expectativas del consumidor, y será rechazado en el mercado. Repercutirá en los ingresos del productor y terminará siendo una pérdida de recursos. Los frutales de pepita con carencias, producen frutos que pueden desarrollar descomposición interna, quemaduras por el sol y acorchado (alfalfa greening).
El cultivo también puede tener carencia de defensas y menos tolerancia contra hongos, insectos y estrés abiótico, afectando al crecimiento general del cultivo y su calidad.
Una buena nutrición es esencial para evitar que una carencia de nutrientes limite la calidad del fruto.